1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 12 tháng 8 năm 2016.
2. Thông tư này thay thế Thông tư số 80/2012/TT-BTC ngày 22/5/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế về việc đăng ký thuế.
3. Bãi bỏ Điều 9 hướng dẫn về thay đổi, bổ sung thông tin đăng ký thuế và Khoản 3 Điều 20 về thời gian đăng ký thuế đối với bên Việt Nam kê khai và nộp thuế cho nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính; Bãi bỏ nội dung “cá nhân nộp thuế khoán ngừng/nghỉ kinh doanh thì thông báo ngừng/nghỉ kinh doanh đến cơ quan thuế chậm nhất là một ngày trước khi ngừng/nghỉ kinh doanh” quy định tại Điểm 11.a Điều 6 Thông tư 92/2015/TT-BTC ngày 15/6/2015 của Bộ Tài chính và mẫu số 02/ĐK-NPT-TNCN, mẫu số 02/TB-MST-NPT ban hành kèm theo Thông tư 92/2015/TT-BTC ngày 15/6/2015 của Bộ Tài chính.
4. Trường hợp các văn bản liên quan đề cập tại Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế đó.