Điều 58. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế

1. Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân là người nộp thuế và có mã số thuế thì được nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của tổ chức, cá nhân đó.

Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân không phải là người nộp thuế thì nộp tại Cục Thuế quản lý địa bàn nơi tổ chức có trụ sở điều hành, nơi cá nhân có địa chỉ thường trú.

Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân trả thu nhập và cá nhân trực tiếp nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân thì được nộp tại nơi nộp hồ sơ quyết toán thuế.

b) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế, công chức quản lý thuế tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận các tài liệu trong hồ sơ.

c) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được gửi qua đường bưu chính, công chức quản lý thuế đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan thuế.

d) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp thông qua giao dịch điện tử thì việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ hoàn thuế do cơ quan thuế thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.

đ) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế chưa đầy đủ, trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ.

2.75 Các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế

- Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên. Riêng đối với hồ sơ hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần của các hãng vận tải nước ngoài thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b Khoản 14 Điều 2 Thông tư này.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp đề nghị hoàn thuế thu nhập cá nhân. Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế là người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu và thuộc đối tượng, trường hợp được hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp theo vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.

Trường hợp người nộp thuế có nhiều lần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại khoản 33 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, hoặc hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại Điều 108 Luật Quản lý thuế và khoản 34 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trường hợp phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế vẫn có hành vi khai sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại khoản 33 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, Điều 108 Luật Quản lý thuế và khoản 34 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc đối tượng kiểm tra trước hoàn theo đúng thời hạn 02 (hai) năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.

- Hàng hóa, dịch vụ trong bộ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định, bao gồm cả hàng hóa, dịch vụ mua bán trong nội địa và hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, nhập khẩu. Quy định này không áp dụng đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT, cụ thể: Trường hợp hàng hóa, dịch vụ trong bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT không thực hiện thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật thuế GTGT thì cơ quan thuế không phải thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi hoàn thuế và xử lý không hoàn thuế GTGT đối với số thuế GTGT liên quan đến hàng hóa, dịch vụ này.

- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.

- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế; hoặc có giải trình, bổ sung lần hai nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng. Quy định này không áp dụng đối với phần hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện và thủ tục hoàn thuế theo quy định.

3. Trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản này) thì chậm nhất là 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, căn cứ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này hoặc Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này và/hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.

Trường hợp này, đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau, khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế phát hành thông báo đề nghị giải trình, bổ sung đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung của người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

b) Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản này) thì chậm nhất là 40 (bốn mươi) ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này và/hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.

Thời gian giãn, hoãn việc kiểm tra trước hoàn thuế do nguyên nhân từ phía người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

c) Đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế nộp thừa theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH12 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế đã có xác nhận nộp thừa của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (như: xác nhận của cơ quan Hải quan về số tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu, hoặc biên bản thanh tra, kiểm tra thuế của cơ quan thuế kết luận số tiền thuế nộp thừa): Chậm nhất là 05 (năm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế. Trường hợp này, cơ quan thuế không thực hiện phân loại hồ sơ thuộc diện: hoàn thuế trước, kiểm tra sau; kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

d) Trường hợp cơ quan thuế kiểm tra xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế đề nghị hoàn thì xử lý như sau:

- Nếu số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn.

- Nếu số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.

Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết tạm hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.

đ) Thẩm quyền hoàn thuế

Căn cứ vào số thuế người nộp thuế được hoàn, số thuế còn nợ, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp thực hiện theo một trong hai trường hợp sau:

- Ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

- Ban hành Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế theo hồ sơ hoàn thuế và còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các loại thuế khác.

Riêng trường hợp hoàn thuế GTGT của người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp thì Cục trưởng Cục Thuế quyết định hoàn thuế.

Trong các quyết định hoàn thuế nêu trên phải nêu rõ tên người nộp thuế được hoàn thuế, số thuế được hoàn, nơi nhận tiền hoàn thuế.

e) Trường hợp giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm do lỗi của cơ quan thuế thì ngoài số tiền thuế được hoàn theo quy định, người nộp thuế còn được trả tiền lãi tính trên số thuế bị hoàn chậm cho thời gian chậm giải quyết hoàn thuế. Lãi suất tính tiền lãi do hoàn thuế chậm là lãi suất cơ bản do Ngân hàng nhà nước công bố có hiệu lực tại thời điểm cơ quan thuế ra quyết định hoàn trả tiền thuế. Số ngày tính tiền lãi kể từ ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định đến ngày ban hành Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước, bao gồm cả ngày nghỉ (thứ bảy, chủ nhật, ngày lễ, ngày tết).

Số tiền lãi được ghi trong quyết định hoàn thuế và người nộp thuế được thanh toán tiền lãi cùng với số tiền hoàn thuế.

Nguồn tiền trả lãi được lấy từ Quỹ hoàn thuế theo quy định của Bộ Tài chính.

4.76 Kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau

a) Việc kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp sau:

- Cơ sở kinh doanh kê khai lỗ 02 (hai) năm liên tục liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế hoặc có số lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu tính đến năm liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế. Số lỗ được xác định theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp; trường hợp có biên bản thanh tra, kiểm tra của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền thì số lỗ được xác định theo kết luận thanh tra, kiểm tra.

- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế từ hoạt động kinh doanh bất động sản, kinh doanh thương mại, dịch vụ. Trường hợp cơ sở sản xuất kinh doanh ngành nghề tổng hợp không tách riêng được số thuế được hoàn từ hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ mà có tỷ lệ doanh thu của hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ trên tổng doanh thu của toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh của cơ sở sản xuất kinh doanh của kỳ phát sinh số thuế đề nghị hoàn từ trên 50% trở lên thì áp dụng kiểm tra sau hoàn trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

- Cơ sở kinh doanh thay đổi trụ sở từ 02 (hai) lần trở lên trong vòng 12 (mười hai) tháng kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước;

- Cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường về doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn 12 (mười hai) tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.

- Các hãng vận tải nước ngoài đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần.

b) Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản này, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 (mười) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.