Hồ sơ thanh tra do Đoàn thanh tra tiến hành gồm có: Quyết định thanh tra; biên bản thanh tra; báo cáo, giải trình của người nộp thuế được thanh tra (nếu có); báo cáo kết quả thanh tra; Kết luận thanh tra; Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính (nếu có);
Trưởng đoàn có trách nhiệm lập danh mục hồ sơ và bàn giao hồ sơ thanh tra cho bộ phận lưu trữ hồ sơ thanh tra