1. Thông tư này có hiệu lực từ ngày 02 tháng 08 năm 2014 và áp dụng cho kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp từ năm 2014 trở đi.
2. Doanh nghiệp có dự án đầu tư mà tính đến hết kỳ tính thuế năm 2013 còn đang trong thời gian thuộc diện được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm cả trường hợp đang được hưởng ưu đãi hoặc chưa được hưởng ưu đãi) theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp thì tiếp tục được hưởng cho thời gian còn lại theo quy định của các văn bản đó; trường hợp đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP về thuế thu nhập doanh nghiệp thì được lựa chọn ưu đãi thuộc diện đang được hưởng hoặc ưu đãi theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP về thuế thu nhập doanh nghiệp theo diện ưu đãi đối với dự án đầu tư mới (bao gồm mức thuế suất, thời gian miễn thuế, giảm thuế) cho thời gian còn lại nếu đang thuộc diện hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo diện doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư hoặc theo diện ưu đãi đối với đầu tư mở rộng cho thời gian còn lại nếu đang thuộc diện được hưởng ưu đãi theo diện đầu tư mở rộng. Dự án đầu tư mở rộng được lựa chọn chuyển đổi ưu đãi theo quy định tại Khoản này là dự án đầu tư mở rộng triển khai từ ngày 31/12/2008 trở về trước và các dự án này đưa vào hoạt động sản xuất kinh doanh từ năm 2009 trở về trước.
Việc xác định thời gian còn lại để hưởng ưu đãi thuế được tính liên tục kể từ khi thực hiện quy định về ưu đãi thuế tại các văn bản pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, về khuyến khích đầu tư trong nước và về thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.
Khoảng thời gian còn lại bằng số năm doanh nghiệp còn được hưởng ưu đãi thuế (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo hướng dẫn tại Thông tư trừ đi số năm doanh nghiệp đã được hưởng ưu đãi (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp. Việc xác định khoảng thời gian ưu đãi còn lại nêu trên phải đảm bảo nguyên tắc:
- Đến hết kỳ tính thuế năm 2013, doanh nghiệp đã hết thời gian được hưởng ưu đãi về thuế suất theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp thì không được chuyển sang áp dụng ưu đãi về thuế (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.
- Đến hết kỳ tính thuế năm 2013, doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp thì tiếp tục hưởng số năm được áp dụng thuế suất và mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.
- Đến hết kỳ tính thuế năm 2013, doanh nghiệp đang được hưởng thuế suất ưu đãi, nhưng vừa hết thời gian được miễn thuế theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp thì không hưởng thời gian miễn thuế mà chỉ hưởng toàn bộ số năm giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này, tiếp tục hưởng số năm áp dụng thuế suất và mức thuế suất ưu đãi cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.
- Đến hết kỳ tính thuế năm 2013, doanh nghiệp đang được hưởng thuế suất ưu đãi, đang trong thời gian giảm thuế theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp thì số năm giảm thuế còn lại bằng số năm giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này trừ (-) số năm doanh nghiệp đã giảm thuế đến hết kỳ tính thuế năm 2013, tiếp tục hưởng số năm áp dụng thuế suất và mức thuế suất ưu đãi cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.
- Đến hết kỳ tính thuế năm 2013, doanh nghiệp đã hết thời gian miễn thuế, giảm thuế theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp thì không thuộc diện hưởng ưu đãi thuế (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo hướng dẫn tại Thông tư này.
3. Doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mở rộng trước thời điểm ngày 01/01/2014 và đưa dự án đầu tư mở rộng vào hoạt động sản xuất kinh doanh, phát sinh doanh thu kể từ ngày 01/01/2014 nếu dự án đầu tư mở rộng này thuộc lĩnh vực, địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP (bao gồm cả khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu công nghiệp trừ khu công nghiệp nằm trên địa bàn các quận nội thành của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và Khu công nghiệp năm trên địa bàn các đô thị loại I trực thuộc tỉnh) thì được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.
4. Thông tư này thay thế Thông tư số 123/2012/TT-BTC ngày 27/7/2012 của Bộ Tài chính.
5. Bãi bỏ các nội dung hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp do Bộ Tài chính và các ngành ban hành không phù hợp với hướng dẫn tại Thông tư này.
6. Việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn thuế, giảm thuế và xử lý vi phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp trước kỳ tính thuế năm 2014 thực hiện theo các quy định tương ứng hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành trước kỳ tính thuế năm 2014.
7. Trường hợp nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam có tham gia ký kết một Hiệp định hoặc Điều ước quốc tế mà Hiệp định hoặc Điều ước quốc tế đó có quy định về việc nộp thuế thu nhập doanh nghiệp khác với nội dung hướng dẫn tại Thông tư này thì thực hiện theo quy định của Điều ước quốc tế đó.