1. Tổ chức, cá nhân khai thác khoáng sản phải nộp hồ sơ khai phí bảo vệ môi trường với cơ quan Thuế quản lý trực tiếp cùng nơi kê khai nộp thuế tài nguyên. Trường hợp trong tháng không phát sinh phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, người nộp phí vẫn phải kê khai và nộp tờ khai nộp phí với cơ quan Thuế. Trường hợp tổ chức thu mua gom khoáng sản phải đăng ký nộp thay người khai thác thì tổ chức đó có trách nhiệm nộp hồ sơ khai phí bảo vệ môi trường với cơ quan thuế quản lý cơ sở thu mua khoáng sản. Thời hạn kê khai phí bảo vệ môi trường với cơ quan thuế chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo.
2. Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản là loại khai theo tháng và quyết toán năm. Khai quyết toán phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản bao gồm khai quyết toán năm và khai quyết toán đến thời điểm chấm dứt hoạt động khai thác khoáng sản, chấm dứt hoạt động thu mua gom khoáng sản, chấm dứt hoạt động kinh doanh, chấm dứt hợp đồng chuyển đổi hình thức sở hữu doanh nghiệp hoặc tổ chức lại doanh nghiệp.
3. Đối với trường hợp người nộp phí thuộc diện bị ấn định số phí phải nộp, thực hiện theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn.
4. Địa điểm kê khai và nộp phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô, khí thiên nhiên và khí than là Cục thuế địa phương nơi người nộp phí đặt văn phòng điều hành chính.
5. Đồng tiền nộp phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản là đồng Việt Nam.
6. Ngoài các quy định trên, việc khai phí, nộp phí, quyết toán phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản được thực hiện theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế.