1. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2017 và thay thế Nghị định số 12/2016/NĐ-CP ngày 19 tháng 02 năm 2016 của Chính phủ về phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản.
2. Kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành, trường hợp Hội đồng nhân dân cấp tỉnh chưa ban hành mức phí mới thì thu theo mức phí đang thực hiện tại địa phương.