Cơ quan thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải gồm:
1. Sở Tài nguyên và Môi trường thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp. Căn cứ vào yêu cầu thu phí của mỗi địa phương và khả năng quản lý của cơ quan tài nguyên môi trường cấp huyện, Sở Tài nguyên và Môi trường có thể báo cáo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh để phân cấp cho Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện thực hiện việc thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp trên địa bàn.
2. Đơn vị cung cấp nước sạch thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân sử dụng nước sạch.
3. Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình tự khai thác nước để sử dụng.