1. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2017 và thay thế Nghị định số 25/2013/NĐ-CP ngày 29 tháng 3 năm 2013 của Chính phủ về phí bảo vệ môi trường đối với nước thải.
2. Các địa phương triển khai thực hiện thu giá dịch vụ thoát nước theo quy định tại Nghị định số 80/2014/NĐ-CP ngày 06 tháng 8 năm 2014 của Chính phủ về thoát nước và xử lý nước thải thì không thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải theo quy định tại Nghị định này.