1. Việc hoàn thuế thu nhập cá nhân áp dụng đối với những cá nhân đã đăng ký và có mã số thuế tại thời điểm nộp hồ sơ quyết toán thuế.
2. Đối với cá nhân đã ủy quyền quyết toán thuế cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện quyết toán thay thì việc hoàn thuế của cá nhân được thực hiện thông qua tổ chức, cá nhân trả thu nhập. Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện bù trừ số thuế nộp thừa, nộp thiếu của các cá nhân. Sau khi bù trừ, nếu còn số thuế nộp thừa thì được bù trừ vào kỳ sau hoặc hoàn thuế nếu có đề nghị hoàn trả.
3. Đối với cá nhân thuộc diện khai trực tiếp với cơ quan thuế có thể lựa chọn hoàn thuế hoặc bù trừ vào kỳ sau tại cùng cơ quan thuế.
4. Trường hợp cá nhân có phát sinh hoàn thuế thu nhập cá nhân nhưng chậm nộp tờ khai quyết toán thuế theo quy định thì không áp dụng phạt đối với vi phạm hành chính khai quyết toán thuế quá thời hạn.