1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế và Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế có hiệu lực thi hành, trừ Khoản 2 Điều này.
2. Điều 4 của Thông tư này áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2016.