1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 02 tháng 3 năm 2014.
2. Các quy định khác về xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn không hướng dẫn tại Thông tư này được thực hiện theo quy định của Luật Xử lý vi phạm hành chính và các văn bản quy định chi tiết liên quan.
3. Việc xử lý đối với hành vi vi phạm về hóa đơn đã xảy ra trước ngày Nghị định số 109/2013/NĐ-CP ngày 24 tháng 9 năm 2013 của Chính phủ và Thông tư này có hiệu lực thi hành thì không áp dụng theo quy định tại Nghị định số 109/2013/NĐ-CP ngày 24 tháng 9 năm 2013 và Thông tư này, mà áp dụng các Nghị định quy định về xử lý vi phạm về hóa đơn có hiệu lực thi hành tại thời điểm xảy ra hành vi vi phạm đó.
Trường hợp mức xử phạt đối với cùng một hành vi quy định tại Nghị định số 109/2013/NĐ-CP và Thông tư này nhẹ hơn mức xử phạt quy định tại các Nghị định trước ngày Nghị định số 109/2013/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì áp dụng mức xử phạt theo quy định của Nghị định số 109/2013/NĐ-CP và Thông tư này, kể cả trường hợp hành vi vi phạm xảy ra trước ngày 109/2013/NĐ-CP có hiệu lực thi hành, đã bị lập biên bản, nhưng cơ quan có thẩm quyền chưa ra quyết định xử lý hoặc đã ra quyết định xử lý nhưng đang trong thời hạn giải quyết khiếu nại thì được xem xét, ra quyết định xử lý theo mức xử phạt quy định tại Nghị định số 109/2013/NĐ-CP và Thông tư này.