1. Trường hợp người tham gia bảo hiểm y tế vào viện trước ngày Thông tư này có hiệu lực và ra viện trong ngày hoặc sau ngày Thông tư này có hiệu lực thì thực hiện theo quy định tại Thông tư này.
2. Đối với vật tư y tế có trong Danh mục ban hành kèm theo Thông tư số 27/2013/TT-BYT ngày 18 tháng 9 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành Danh mục vật tư y tế thuộc phạm vi thanh toán của quỹ bảo hiểm y tế (sau đây gọi tắt là Thông tư số 27/2013/TT-BYT) và các văn bản hướng dẫn Thông tư số 27/2013/TT-BYT nhưng không có trong Danh mục vật tư y tế tại Phụ lục 01 ban hành kèm theo Thông tư này, quỹ bảo hiểm y tế tiếp tục thanh toán cho đến khi sử dụng hết số lượng vật tư y tế đã trúng thầu theo kết quả lựa chọn nhà thầu cung ứng vật tư y tế và đã được cơ sở khám bệnh, chữa bệnh ký hợp đồng với nhà cung ứng trước ngày Thông tư này có hiệu lực.
3. Đối với vật tư y tế có trong Danh mục ban hành kèm theo Thông tư số 27/2013/TT-BYT và các văn bản hướng dẫn Thông tư số 27/2013/TT-BYT nhưng có quy định điều kiện, tỷ lệ, mức thanh toán tại Thông tư này, quỹ bảo hiểm y tế thanh toán theo điều kiện, tỷ lệ, mức thanh toán quy định tại Thông tư này kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực.