1. Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 02 năm 2014 và áp dụng cho kỳ tính thuế từ năm 2014 trở đi.
Bãi bỏ Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11 tháng 12 năm 2008, số 122/2011/NĐ-CP ngày 27 tháng 12 năm 2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và Điều 2, Điều 3 Nghị định số 92/2013/NĐ-CP ngày 13 tháng 8 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều có hiệu lực từ ngày 01 tháng 7 năm 2013 của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng.
Tính đến hết kỳ tính thuế năm 2015 trường hợp doanh nghiệp có dự án đầu tư đang được áp dụng thuế suất ưu đãi 20% quy định tại Khoản 3 Điều 15 Nghị định này thì kể từ 01 tháng 01 năm 2016 được chuyển sang áp dụng thuế suất 17% cho thời gian còn lại.
Việc xác định thời gian còn lại để hưởng ưu đãi thuế được tính liên tục kể từ khi thực hiện quy định về ưu đãi thuế tại các văn bản pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, về khuyến khích đầu tư trong nước và về thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.
3. Doanh nghiệp thành lập hoặc doanh nghiệp có dự án đầu tư từ việc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển đổi chủ sở hữu, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất có trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (kể cả tiền phạt nếu có), đồng thời được kế thừa các ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (kể cả các khoản lỗ chưa được kết chuyển) của doanh nghiệp hoặc dự án đầu tư trước khi chuyển đổi, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất nếu tiếp tục đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, điều kiện chuyển lỗ theo quy định của pháp luật.
4. Việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn, giảm thuế trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, pháp luật về khuyến khích đầu tư trong nước và các văn bản quy phạm pháp luật khác ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.